小容量雙層搖瓶機是培養好氣性微生物的小型試驗設備或作為種子擴大培養之用，常用的有往復式和旋轉式兩種。往復式的往復頻率一般在80~140次/min，沖程一般為5~14cm，如頻率過快、沖程過大或瓶內液體裝量過多，在搖動時液體會濺到包扎瓶口的紗布或棉塞上，導致雜菌污染，特別是啟動時更容易發生這種情況。旋轉式的偏心距一般在3~6cm之間，旋轉次數為60~300rpm。
放在小容量雙層搖瓶機上的培養瓶(一般為三角瓶)中的發酵液所需要的氧是由空氣經瓶口包扎的紗布(一般8層)或棉塞通入的，所以氧的傳遞與瓶口的大小、瓶口的幾何形狀、棉塞或紗布的厚度和密度有關。在通常情況下，搖瓶的氧吸收系數取決于搖瓶機的特性和三角瓶的裝樣量。
往復式是利用曲柄原理帶動搖瓶機作往復運動，機身為鐵制或木制的長方框子，有一層至三層托盤，托盤上有圓孔備放培養瓶，孔中凸出一個三角形橡皮，用以固定培養瓶并減少瓶的振動，傳動機構一般采用二級皮帶輪減速，調換調速皮帶輪可改變往復頻率。偏心輪上開有不同的偏心孔，以便調節偏心距。往復式的頻率和偏心距的大小對氧的吸收有明顯的影響。
旋轉式是利用旋轉的偏心軸使托盤擺動，托盤有一層或兩層，可用不銹鋼板、鋁板或木制板制造。在三個偏心軸上裝有螺栓可調節上下，使托盤保持水平。這種搖瓶機結構復雜，造價高。其優點是氧的傳遞較好、功率消耗小、培養基不會濺到瓶口的紗布上。
小容量雙層搖瓶機還具有以下幾種優勢：
機芯采用鑄鐵和NSK進口軸承使機械更堅固耐用；
交流感應長壽命電機、款、寬調速、恒力矩、無碳刷、免保養；
震動臺面均采用304不銹鋼材料，拆下時十分方便，清洗起來也很方便；
多種搖架和夾具可供選擇，搖架和夾具更換簡便，大大提高了工作效率；
該機還采用微電腦控制頻率，自帶定時功能，溫和振蕩啟動功能，可以防止器皿內的樣品濺溢，并且可以避免設備意外啟動和停止；
部件轉速監測電路，當監測到轉速過快和過慢時能停止振蕩，保證安全運行不發生故障；
小容量雙層搖瓶機的制作工藝，確保機械運轉更穩定更可靠；
*的電機過熱，溫度失控自動斷電保護裝置。
